Instytut Innowacji Przemysłu Mleczarskiego współpracuje z wieloma instytucjami naukowymi m.in.:
- Uniwersytetem Warmińsko-Mazurskim w Olsztynie
- Instytutem Rozrodu Zwierząt i Badań Żywności PAN w Olsztynie
- Politechniką Łódzką
- Instytutem Ogrodnictwa w Skierniewicach
- Szkołą Główną Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie
- Uniwersytetem Medycznym w Łodzi
- Zachodniopomorskim Uniwersytetem Technologicznym w Szczecinie
- Uniwersytetem Przyrodniczym we Wrocławiu
- Politechniką Gdańską
Współpraca z każdym z wymienionych podmiotów została sformalizowana w postaci umów o współpracy naukowo-badawczej lub umów konsorcjum.
Instytut rozwija również współpracę z przedsiębiorcami branży mleczarskiej oraz jej otoczenia m.in.: producentami dodatków funkcjonalnych i stabilizatorów spożywczych, producentami urządzeń do przemysłu mleczarskiego, producentami i dystrybutorami aparatury analitycznej do badania mleka i pasz, producentami opakowań dla przemysłu spożywczego.
Instytut Innowacji Przemysłu Mleczarskiego Sp. z o.o. jest członkiem Polskiej Platformy Technologicznej Żywności (w siedzibie Instytutu mieści się sekretariat Platformy) oraz członkiem Polskiej Platformy Technologicznej Biogospodarki.
Pracownicy Instytutu współpracują z wieloma renomowanymi organizacjami krajowymi i zagranicznymi m.in. Krajowym Stowarzyszeniem Mleczarzy, Polską Izbą Mleka, Klubem Polskich Laboratoriów Badawczych POLLAB, Europejską Platformą Żywności, Międzynarodową Federacją Mleczarską (IDF).
Nasi pracownicy uczestniczą również w zespołach opracowujących normy z zakresu analiz mleka i produktów mleczarskich zarówno na szczeblu międzynarodowym w komitetach stałych Międzynarodowej Federacji Mleczarskiej, a także krajowym w komitetach technicznych nr 3 i 35 Polskiego Komitetu Normalizacyjnego.