W laboratorium wykonywane są analizy mikrobiologiczne żywności oraz próbek pobieranych z miejsc produkcji. Zadania te wykonują specjalistyczne pracownie:
- Mikrobiologii Żywności
- Badań Molekularnych
W Pracowni Mikrobiologii Żywności wykonywane są analizy pod kątem mikroflory patogennej oraz mikroflory niepatogennej, niepożądanej w mleczarstwie. Wykonywane są także badania pod wpływem mikroflory technicznej i probiotycznej w procesie ukwaszania oraz kształtowania cech funkcjonalnych i prozdrowotnych produktów mlecznych, w tym wpływu mikroflory na dojrzewanie produktów i ich trwałość. Przedmiotem analizy są ponadto zakażenia fagami i ich negatywny wpływ na proces technologiczny.
W Pracowni Badań Molekularnych prowadzone są badania surowców paszowych oraz pasz użytkowanych w skarmianiu bydła mlecznego pod kątem obecności składników modyfikowanych genetycznie.
Laboratorium Badań Mikrobiologicznych zostało zatwierdzone przez Głównego Lekarza Weterynarii jako laboratorium urzędowe, zgodnie z ustawą o Inspekcji Weterynaryjnej z dnia 29 stycznia 2004r. z póżn. Zm. W zakresie bezpieczeństwa produktów pochodzenia zwierzęcego (mleka i produktów mleczarskich) w celu zapewnienia ochrony zdrowia publicznego.
Wyposażenie Laboratorium Badań Mikrobiologicznych składa się z mikroskopów z kontrastem fazowym, fluorescencją oraz systemem do cyfrowej obróbki obrazu i mikrofotografii, zestawów do analiz PCR i Real Time PCR, automatycznego analizatora mikrobiologicznego TEMPO, komory laminarnej II klasy (BCL II) z filtrami HEPA i komory laminarnej II klasy z filtrem ULPA, inkubatorów mikrobiologicznych z możliwością modyfikacji atmosfery CO2, O2, N2, w których bada się wpływ modyfikacji atmosfery gazowej na rozwój mikroflory.