W struktury laboratorium wchodzą pracownie:
- Analiz Chemicznych
- Analiz Instrumentalnych
- Pracownia Analiz Reologicznych
Przeprowadzane analizy są zgodne z Normami Międzynarodowymi ISO/IDF. Wykonywane są również analizy według standardów ADPI, AOAC, AST i własnych procedur badawczych opracowanych przez Instytut.
Wykonywane analizy dotyczą składu chemicznego mleka i jego produktów, duża cześć wykonywana jest metodami odniesienia, ale zdecydowaną większość stanowią analizy wysokospecjalisztyczne, oparte na nowych technikach analitycznych.
Odrębnym obszarem są badania Pracowni analiz reologicznych. Pracownia zajmuje się określaniem własności produktów mleczarskich: lepkością statyczną, lepkością dynamiczną, wyznaczaniem krzywej płynięcia. Analizowane są cechy masła, np. smarowność, cechy miksów maślanych i serków, a także badania ich zwięzłości, stopnia twardości serów, spójności, kruchości, sprężystości, rozciągliwości i wielu innych. Analizy te są niezwykle istotne w procesie tworzenia i standaryzacji nowo opracowywanych bądź ulepszanych produktów przez Dział Technologii i Wdrożeń.
Laboratorium Badań Fizykochemicznych wyposażone jest w urządzenia do analizy pierwiastków technikami spektrometrii mas sprzężonej z plazmą wzbudzaną indukcyjnie (ICP-MS), spektrometrii absorpcji atomowej (AAS), czy absorpcyjnej spektrometrii atomowej z techniką zimnych par (CV-AAS).
Rozwiniętym obszarem analitycznym Laboratorium Badań Fizykochemicznych są techniki chromatografii gazowej: GC-FID, GC-ECD, HS-GC FID, GC-MS, którymi wykonywane są m.in. analizy kwasów tłuszczowych, detekcji tłuszczów roślinnych w produktach mleczarskich, a także analizy związków organicznych i substancji migrujących z opakowań do produktów (migracja specyficzna). Technika chromatografii cieczowej m. in. LC-RID, LC-DAD, LC-MS wykorzystywana jest do analiz cukrów, witamin rozpuszczalnych w tłuszczach, a także w analizie poziomów dodatków i zanieczyszczeń.