Działalność badawczo-rozwojowa Instytutu realizowana jest w obszarach projektowania i opracowywania nowych produktów mleczarskich, w tym głównie produktów prozdrowotnych i funkcjonalnych oraz prac badawczo-rozwojowych służących poprawianiu jakości i bezpieczeństwa produktów.
W strukturze organizacyjnej instytutu funkcjonują 4 główne piony zadaniowe:
- Dział Technologii i Wdrożeń
- Laboratorium Badawcze
- Zespół ds. Projektów, Innowacji i Komercjalizacji
- Ośrodek Biegłości i Materiałów Odniesienia