Instytut Innowacji Przemysłu Mleczarskiego współpracuje z wieloma instytucjami naukowymi m.in.:
- Uniwersytetem Warmińsko-Mazurskim w Olsztynie,
- Instytutem Rozrodu Zwierząt i Badań Żywności PAN w Olsztynie,
- Politechniką Łódzką,
- Instytutem Ogrodnictwa w Skierniewicach,
- Szkołą Główną Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie,
- Uniwersytetem Medycznym w Łodzi,
- Zachodniopomorskim Uniwersytetem Technologicznym w Szczecinie,
- Uniwersytetem Przyrodniczym we Wrocławiu,
- Politechniką Gdańską.
Współpraca z każdym z wymienionych podmiotów została sformalizowana w postaci umów o współpracy naukowo-badawczej lub umów konsorcjum.
Instytut rozwija również współpracę z przedsiębiorcami branży mleczarskiej oraz jej otoczenia m.in.: producentami dodatków funkcjonalnych i stabilizatorów spożywczych, producentami urządzeń do przemysłu mleczarskiego, producentami i dystrybutorami aparatury analitycznej do badania mleka i pasz, producentami opakowań dla przemysłu spożywczego.
Instytut Innowacji Przemysłu Mleczarskiego Sp. z o.o. jest członkiem;
- Międzynarodowej Federacji Mleczarskiej (FIL/IDF),
- Klubu Polskich Laboratoriów Badawczych POLLAB,
- Polskiej Platformy Technologicznej Biogospodarki.
Pracownicy Instytutu współpracują z wieloma renomowanymi organizacjami m.in. Krajowym Stowarzyszeniem Mleczarzy, Polską Izbą Mleka, Krajowym Związkiem Spółdzielni Mleczarskich Zw. Rew., Polską Federacją Hodowców Bydła i Producentów Mleka, Związkiem Polskich Przetwórców Mleka.
Nasi pracownicy uczestniczą również w zespołach opracowujących normy z zakresu analiz mleka i produktów mleczarskich zarówno na szczeblu międzynarodowym w komitetach stałych Międzynarodowej Federacji Mleczarskiej, a także krajowym w komitetach technicznych nr 3 i 35 Polskiego Komitetu Normalizacyjnego.